La vicenda inizia nella vecchia pensione chiamata Ikkoku-kan, un edificio piuttosto malconcio e molto modesto, ma indubbiamente affascinante per la propria semplicità, situato nella periferia di Tokyo.
In questo casolare abita uno studente universitario di nome Yusaku Godai afflitto da mille sfortune, soprattutto il suo carattere insicuro lo rende molto titubante su ogni decisione, piccola, grande che possa essere, tanto da renderlo molto vulnerabile. Preso per la seconda volta dagli esami d'ammissione all'università (non facili) è costantemente deriso dai restanti inquilini, soprattutto dal trio malefico, perché lo credono un fallito e fallirà l'ennesima ammissione.
Giunto al massimo della sopportazione, Godai decide di andarsene per sempre dall'Ikkoku-kan, ma proprio il giorno della sua partenza, il destino regalò una bella sorpresa al nostro sventurato ragazzo, infatti; arrivò il nuovo amministratore del casolare e meravigliato, Godai vide davanti a se una stupenda e innocente ragazza, molto giovane, preso dalla felicità decide di rimanere ancora all'Ikkoku-kan.
Da questo momento in poi la storia inizia il suo lungo svolgimento, da una parte Godai che vuole assolutamente conquistare l'amore di Kyoko ma, cosa non facile per l'insicurezza che mostra Godai nel dichiararsi a lei e anche per l'età, essendo più giovane rispetto Kyoko di due anni e in aggiunta la complicanza di quest'ultima, con il doloroso segreto di trovarsi vedova, nonostante la sua giovane età. Questo rende Kyoko particolarmente matura nei confronti di Godai (ma anche una personalità molto complessata) perché rimasta vedova quasi subito dopo il matrimonio con Soichiro Otonashi (professore del liceo che frequentava Kyoko e divenuto suo marito dopo) dovette abbandonare subito la spensieratezza giovanile e "fare" un salto di maturità psicologica.
Questa situazione non permette a Kyoko d'innamorarsi di nuovo e rifiutare qualsiasi corteggiamento, compreso quello di Shun Mitaka (maestro di tennis di Kyoko e tra l'altro molto affascinate, ricco e convinto di ottenere sempre quello che desidera grazie ai soldi) perché vuole rimanere fedele al suo defunto marito, unico amore della sua vita e considerandosi già troppo grande, per lasciarsi coinvolgere da comportamenti amorosi cosi giovanili.
Ad ogni modo, inizialmente la situazione di kyoko agevola molto le cose a Godai, trovandosi svantaggiato rispetto Mitaka, poiché Godai deve ancora terminare l'università, trovarsi un lavoro per poter chiedere la mano a Kyoko. A sua volta Kyoko considera Godai come un amico immaturo e bisognoso di cure materne, ignorando l'amore che prova questo ragazzo nei suoi confronti.
Ben presto però, tutto questo evolverà in maniera diversa e Kyoko non riuscirà più a nascondere la sua intenzione di volersi sposare ancora, nonostante il suo attaccamento al defunto consorte, e al timore di rimanere sola per l'ennesima volta.
Una volta che questo fatto è stato capito dai pretendenti e in prima persona da Kyoko, la vicenda è destinata a cambiare, ma nonostante questo il povero Godai è sempre incapace, sfortunato assai… questo grazie anche al trio malefico, composto cosi: Ichinose, Akemi e Yotsuya, sempre invadenti e combina pasticci di vario genere, abituati a far baldoria in qualsiasi posto, dalla stazione al ristorante, bar, in qualsiasi luogo pubblico, naturalmente pure nella stanza di Godai. A parte il trio, le trappole maggiori per Godai sono le due ragazze di nome Kozue e Yagami, quest'ultima è la studentessa del liceo dove Godai rimane supplente per un periodo breve, dove per un banale equivoco, Yagami s'innamora di Godai, anche se non sarà mai una minaccia per l'amore che Godai prova verso Kyoko, ma indirettamente darà un grande stimolo a Kyoko e la vedremo molto più combattiva, tanto che l'amore verso Godai diventerà chiaro come il sole.
L'altra ragazza che riuscirà veramente ad incasinare Godai è sicuramente Kozue, quest'ultima crede quasi ciecamente all'amore di Godai, ma forse non vuole comprendere la vera verità grazie ancora all'ennesima titubanza di Godai, nel chiarire come stanno veramente le cose tra loro, non rivelando a Kozue l'amore che prova per Kyoko, ma presto Kozue capirà da sola come stanno le cose tra quei due, mettendosi da parte per sempre.
Altri personaggi contrari a quest'unione sono i genitori di Kyoko, soprattutto il padre, un padre molto geloso della figlia e con la convinzione di farla soffrire ancora, dando il consenso a quest'unione, ritenendosi colpevole della sofferenza in cui la figlia cadette nel primo matrimonio.
Kyoko comprende l'assurdità della cosa ribellandosi al padre, facendo comprendere al padre l'intenzione di sposarsi ancora, perché una vita fatta di solitudine e senza amore è vuota. Al padre non resta che acconsentire vedendo la figlia cosi determinata, esigendo da entrambi promesse per sentirsi in pace con se stesso.
In ogni caso, Godai riuscirà nella sua impresa, ovviamente tra mille difficoltà e tra mille incomprensioni, a volte rinunce per inadeguatezza e in certi momenti l'estrema tristezza lo acchiapperà mandandolo a terra, ma alla fine coronerà il suo sogno, quello dell'amore di Kyoko.
In definitiva Maison Ikkoku si può collocare come storia dal contenuto romantico/umoristico e terminando con la marcata indole più sentimentale, verso il finale della storia. 

alcune scene dell'anime